杭锦后旗位于巴彦淖尔市西部，地处河套平原。东与临河区接壤，西傍乌兰布和沙漠与磴口县毗邻，南临黄河与鄂尔多斯市杭锦旗相望，北靠阴山与乌拉特后旗交界。地理座标为东经106°34′至107°34′，北纬40°26′至41°13′，南北长约87公里，东西宽约52公里，总面积1790平方公里。